Terwijl onze helden op bezoek zijn in het huis van hun vriend Sanpei in Ninja Village, wordt het dorpshoofd Hanzo ontvoerd door een mysterieuze groep ninja’s! Hun leider is Kagetomo, een getalenteerde ninja die heeft besloten dat hij Hanzo het dorpshoofd moet opvolgen. Sanpei en zijn broers zijn vastberaden om hun dorpshoofd te bevrijden en ze nemen het samen met Ash, Serena en Clemont tegen Kagetomo en zijn handlangers op. Tijdens het gevecht evolueert Ash’s Frogadier in een ongelofelijk sterke Greninja! Het ninja corps wordt verslagen en Kagetomo ziet dat hij verkeerd bezig is en besluit zich op zijn training te gaan richten. Ash en zijn vrienden blijven in het dorp om het dorpsfeest mee te maken en Hanzo benoemt Sanpei’s oudste broer tot zijn opvolger. Nadat onze helden afscheid hebben genomen, zegt Nihei tegen de anderen dat hij iets in Ash’s Greninja heeft gezien dat hem deed denken aan de oude held van het dorp..