Les premières batailles contre les BETA commencent. L'unité de Yūya est envoyée en mission pour tester un nouvel équipement, mais la situation devient rapidement incontrôlable lorsque l'ennemi surgit en grande quantité. C'est là que Yūya se rend compte de l'ampleur de la menace, et il comprend que la guerre qu'il mène ne sera pas aussi simple qu'il l'avait imaginé. Ses premiers pas sur le champ de bataille marquent le début d'un long et douloureux conflit.