Заместитель главнокомандующего Фуюцуки похищен для допроса Seele, недовольными тем, что им не сообщили о Евангелионе-01, который, поглотив S²-двигатель[10], перестал нуждаться во внешнем источнике питания и стал самодостаточной боевой машиной с богоподобной силой. В это время Кадзи, временно отстранённый от должности, продолжает расследование в Nerv. Пока Фуюцуки содержится в изоляторе Seele, его посещают воспоминания о первой встрече с Гэндо, Юи Икари, Втором Ударе, зарождении Gehirn и Nerv.