In seizoen twee leidt Master Chief John-117 zijn team van elite Spartans tegen de buitenaardse dreiging die bekend staat als de Covenant. In de nasleep van een schokkende gebeurtenis op een desolate planeet, kan John het gevoel niet van zich afschudden dat zijn oorlog op het punt staat te veranderen en riskeert alles om te bewijzen wat niemand anders wil geloven - dat de Covenant zich voorbereidt om de grootste vesting van de mensheid aan te vallen. Met de melkweg op de rand van de afgrond begint John aan een reis om de sleutel tot de redding van de mensheid te vinden, of haar uitsterven: de Halo.