Nella speranza di accelerare il suo recupero, Amanda seda Alex dopo l’ultima missione. Alex è in uno stato ipnotico e Amanda ne approfitta per riuscire a capire quali segreti nasconde la ragazza. Intanto Nikita ha capito che Alex è in pericolo e cerca di costruirle una nuova identità fuori dal paese. Michael diventa però sospettoso riguardo ad Alex e inizia ad indagare su di lei con l’aiuto di Birkhoff.