Les troupes de l'Armée de l'Humanité ont entièrement pris le contrôle de l'île. Sôshi n'arrive pas à comprendre pourquoi Makabe les a laissé faire sans chercher à se défendre, mais celui-ci se refuse à combattre d'autres humains. Sur l'autre île, Maya et Mizoguchi ont repris leur envol, à la recherche de Kazuki. C'est alors qu'ils voient surgir des profondeurs de la terre un énorme Festum, poursuivi par un Fafner d'un nouveau type, le Mark Sein. Avec aux commandes un Kazuki déchaîné par la disparition de sa mère qu'il venait à peine de retrouver. Mais au cour du combat, le jeune garçon est contacté par le noyau de l'île de Tatsumiya...