Captain Bridger bittet die seaQuest um Hilfe, um tief in makronesische Gewässer vorzudringen und einige streng geheime Datenkristalle zu bergen, die unaussprechliche Gräueltaten an der Menschheit aufdecken, die 20 Jahre zuvor begangen wurden - Verbrechen, an denen Bridger und Ford möglicherweise beteiligt waren.