Staffel 1 knüpft dort an, wo die Miniserie aufgehört hat. Nach einem verlorenen Kampf gegen die Zylonen sind die letzten Überreste der Menschheit gezwungen, unter dem Schutz ihres einzigen verbliebenen Kriegsschiffs, der veralteten Battlestar Galactica, zu fliehen. Verfolgt von den Zylonen – von denen einige mittlerweile menschliche Gestalt angenommen haben – führen Commander Adama und Präsident Roslin diese letzten Überreste der Menschheit auf der Suche nach einer neuen Heimat – einem Planeten namens Erde.